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Résumé
Le microbiote intestinal, progressivement mis en place au cours des premières années de vie, participe à la maturation des fonctions physiologiques. L'établissement précoce du microbiote intestinal est considéré comme un facteur important pour la santé du nourrisson et du futur adulte. Dans ce contexte, nous proposons d'identifier des signatures précoces du microbiote intestinal ou des profils de microbiote prédictifs chez les enfants de la survenue d'un surpoids et d'une obésité.
L'objectif du présent projet est d'analyser le microbiote fécal prélevé chez des enfants de 3,5 ans sur 400 enfants, dont 200 nés à terme et 200 prématurés, en utilisant la même technique. Notre équipe effectuera l'extraction totale de l'ADN fécal à l'aide de la méthode MetaHIT, l'amplification de régions variables de l'ADNr 16S (V3-V4) et l'analyse des données de séquence obtenues à partir de la plateforme Illumina (Miseq).
La diversité et la composition phylogénétique du microbiote à 3,5 ans seront caractérisées. Les groupes bactériens spécifiques qui définissent le mieux le microbiote à 3,5 ans et leur relation avec le surpoids seront recherchés. Les profils de microbiote seront comparés entre les nourrissons nés à terme et les prématurés afin de déterminer l'impact de la prématurité sur l'établissement du microbiote à long terme et ses implications cliniques.
Cette étude fournira des réponses nouvelles et précises sur la programmation précoce, en identifiant les facteurs de risque et/ou les biomarqueurs précoces du microbiote pour le développement de l'obésité chez deux populations d'enfants présentant diverses affections précoces liées à des naissances prématurées ou à terme. Ces résultats innovants permettraient de développer des approches préventives précoces basées sur des modifications ciblées du microbiote chez les nourrissons.
MISES À JOUR DU PROJET
Échantillon livrable 1 : Deux cents nourrissons parmi les 618 nourrissons collectés dans la cohorte ELFE ont été sélectionnés au hasard en janvier. Le transfert des échantillons au laboratoire est terminé. Des extractions et des amplifications d'ADN seront effectuées et envoyées à une plateforme externe pour le séquençage d'ici la fin du mois d'avril.
Le livrable 2 consiste à analyser la composition du microbiote intestinal à l'aide de la métagénomique 16S.
L'ADN total a été extrait de tous les échantillons fécaux de la cohorte EPIPAGE 2 et de 190 échantillons fécaux sur 200 de la cohorte ELFE. La concentration et l'intégrité de l'ADN seront déterminées par spectrophotométrie par Nanodrop. Tous les extraits d'ADN fécal ont été amplifiés par PCR à l'aide d'amorces bactériennes universelles pour amplifier les régions variables V3-V4 du gène de l'ARNr 16S.
