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Résumé
Le développement du microbiote intestinal est influencé par le mode d'administration, le régime alimentaire, le mode de vie et des paramètres environnementaux tels que la proximité des animaux. Ces paramètres ont un impact sur la composition du microbiote intestinal et ont été associés à des effets de protection contre les allergies (« hypothèse du microbiote »). La composition du microbiote et le régime alimentaire sont également liés à la formation d'acides gras à chaîne courte (AGCC). L'acétate, le propionate et le butyrate sont les principaux AGCC formés par les microbes intestinaux. Il a été démontré qu'ils ont des propriétés anti-inflammatoires et peuvent induire la production d'IgA par les cellules B de la muqueuse. Nous émettons l'hypothèse que la colonisation par les producteurs de butyrate est un facteur déterminant dans le développement de maladies allergiques et que les spores sont une source de transmission à l'intestin du nourrisson.
Pour vérifier notre hypothèse, nous utiliserons des échantillons fécaux provenant de l'étude de cohorte de naissances menée à Saint-Gall (étude CARE -Childhood Allergy, nutrition and Environment) et surveillerons l'évolution naturelle des maladies atopiques en collectant dès la naissance, de manière prospective, des données cliniques et biologiques auprès d'enfants (n = 100). Des échantillons fécaux d'enfants en bonne santé et d'enfants atteints de dermatite atopique (estimation n = 20) au cours des deux premières années de vie, prélevés 3, 6, 12 et 24 mois après la naissance, seront analysés. Les données obtenues seront liées aux profils d'AGCC fécaux des nourrissons, au régime alimentaire et aux paramètres environnementaux.
Cette étude, prévue pour une durée d'un an, permettra de mieux comprendre le développement du microbiote intestinal et son lien avec les maladies allergiques chez l'enfant. Les résultats obtenus ici pourraient mener à une approche thérapeutique impliquant des microbioes intestinaux producteurs de butyrate.
MISES À JOUR DU PROJET
Prélèvement d'échantillons
Prélèvement d'échantillons fécaux de 30 nourrissons en bonne santé et de 18 nourrissons chez lesquels on a diagnostiqué une dermatite atopique. Les échantillons ont été prélevés à 3 moments, à 3, 6 et 12 mois.
Tests méthodologiques
Évaluation continue de la méthodologie testant différents milieux de culture microbiens dans le but d'utiliser du YCFA modifié, car nous avons obtenu un maximum de MPN en utilisant ce milieu lors d'expériences préliminaires. L'analyse est en cours, le MPN d'environ 50 % des échantillons a été déterminé. L'isolement de l'ADN et la détermination des AGCC formés dans les échantillons de MPN sont en cours. Compte tenu de la tâche 2 (« Déterminer les concentrations fécales d'AGCC »), les concentrations d'AGCC fécaux de 145 échantillons ont été déterminées, nous analysons actuellement les données.
Nous analysons également les AGCC formés lors de l'analyse du MPN en fonction de l'activité de fermentation microbienne relative avec la composition du microbiote des échantillons (voir Tâche 1). En ce qui concerne la tâche 3 (« Déterminer la composition génétique de l'ARNr 16S du microbiote fécal et sporique »), des bibliothèques de gènes d'ARNr 16S de 80 échantillons fécaux ont été générées et séquencées, l'analyse des données est actuellement en cours.
